NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg(实为一对引物的合并序列)在NCBI的blastn中,与ACCESSION:AY070235 (Align two or more sequences)可100%匹配,见图参数选
来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/06/30 07:24:16
![NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg(实为一对引物的合并序列)在NCBI的blastn中,与ACCESSION:AY070235 (Align two or more sequences)可100%匹配,见图参数选](/uploads/image/z/7012388-20-8.jpg?t=NCBI%E7%9A%84blastn+%E5%BC%95%E7%89%A9%E6%AF%94%E5%AF%B9%E4%B8%8EACCESSION%E7%9A%84%E9%97%AE%E9%A2%98%E7%A2%B1%E5%9F%BA%E5%BA%8F%E5%88%97tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg%EF%BC%88%E5%AE%9E%E4%B8%BA%E4%B8%80%E5%AF%B9%E5%BC%95%E7%89%A9%E7%9A%84%E5%90%88%E5%B9%B6%E5%BA%8F%E5%88%97%EF%BC%89%E5%9C%A8NCBI%E7%9A%84blastn%E4%B8%AD%2C%E4%B8%8EACCESSION%EF%BC%9AAY070235+%EF%BC%88Align+two+or+more+sequences%EF%BC%89%E5%8F%AF100%25%E5%8C%B9%E9%85%8D%2C%E8%A7%81%E5%9B%BE%E5%8F%82%E6%95%B0%E9%80%89)
NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg(实为一对引物的合并序列)在NCBI的blastn中,与ACCESSION:AY070235 (Align two or more sequences)可100%匹配,见图参数选
NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题
碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg(实为一对引物的合并序列)在NCBI的blastn中,与ACCESSION:AY070235 (Align two or more sequences)可100%匹配,见图
参数选择:Program Selection
Optimize for
Somewhat similar sequences (blastn)
但是只输入tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg,不输ACCESSION,gi等信息,该碱基序列与nucleotide库中比对的结果见图
,只有3’端的能匹配上,而且AY070235这个原本匹配的序列哪儿去了呢?
参数选择:Choose Search Set
Database
Others (nr etc.):nr/nt
我觉得可能是在Choose Search Set——Database——Others (nr etc.):nr/nt
上出了问题.那我应该怎么选择呢?(研究对象是细菌的基因组)
NCBI的blastn 引物比对与ACCESSION的问题碱基序列tcgccgaaagagttagcannnnnnnnnaatccatccctgtcggtg(实为一对引物的合并序列)在NCBI的blastn中,与ACCESSION:AY070235 (Align two or more sequences)可100%匹配,见图参数选
同意楼上的,刚刚测试了下.
在organism处限定物种即可:Klebsiella pneumoniae.然后你只需页面搜索就能定位到你的序列.
若不限定物种,因为高度同源的序列很多,或者说符合输出条件的数量超过了NCBI反馈序列数量最大值(100条最优结果),多出的序列就被舍弃了,而你的目的序列恰在100以后.
我看了看...
你可以在organism处填:Klebsiella pneumoniae
限制在特定的物种..
或
你的引物序列不要合并.. 中间的nnnn是你加进去的?? 一点用都没
试试:
>1
tcgccgaaagagttagca
>2
aatccatccctgtcggtg